La Universidad Regional del Sureste, encuentra su antecedente histórico en el Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca fundado el 8 de enero de 1827. En 1955, el gobernador Manuel Cabrera Carrasquedo, convirtió este Instituto en la Universidad “Benito Juárez” de Oaxaca, quien posteriormente obtiene su autonomía.

Así, el 2 de junio de 1977, el Presidente de la República José López Portillo, da su anuencia para fundar una nueva Universidad que por diversas razones, tuvo que constituirse como Institución particular, bajo el régimen de Asociación Civil y con la denominación de “Universidad Regional del Sureste” (URSE), que ostenta hasta la fecha.